患者對排卵藥物的使用往往充滿懷疑，部分因素是關心排卵藥物是否具有致癌作用。過去，一些研究認爲，卵巢濾泡液中的生長因子會刺激體內的細胞或組織，並可能誘發細胞異常增生，導致癌症。特別是使用排卵藥物後，更多的卵巢濾泡會同時釋放更多的生長因子，這可能對未來的健康產生不利影響。著名的醫學期刊Fertility&Sterility一項醫學研究表明，研究人員強調，爲了獲得確定的結論，仍然需要長期的研究和跟蹤。本研究收集了1197名患者，他們從1960年到1984年在以色列接受不孕症治療，平均跟蹤年限爲18年。在這項研究中，如果不孕症患者未接受排卵藥物治療，卵巢癌、乳腺癌或其他癌症的發病率將不會增加。在780人曾接受排卵藥物，如clomiphenecitrate與hMG在患者中，沒有觀察到卵巢癌發病率的增加。如果口服排卵藥物超過三個週期或總劑量超過1000毫克，乳腺癌的風險不會增加。醫生認爲，使用排卵藥物不會顯著增加癌症的發病率。由於該研究的平均跟蹤年齡爲44歲，但癌症的發生需要很長時間才能進化，嚴格地說，作者認爲應該跟蹤到60歲才能得出更準確的結論。
