別看苦蕎麥的功效與作用這麼多，這並不代表其就沒有任何的副作用，這些副作用是不容忽視的，否則將會對人體產生不同程度的傷害。苦蕎麥的副作用一般有這些：
1、苦蕎麥偏寒性，胃寒或者有胃病的人羣過多食用，會造成反酸腹瀉的現象，因此，脾胃虛寒、消化功能不佳、經常腹瀉的人、體質敏感之人不宜食用。
2、少部分人羣食用蕎麥食品後會引起皮膚搔癢、頭暈、哮喘等過敏症狀，所以黑苦蕎過敏史者謹慎食用。
3、苦蕎麥莖、葉、花、果天然原料中自身所含蘆丁，可能有降血壓、降血糖、降血脂作用，低血壓、低血糖及嚴重體型瘦弱病人請謹慎食用。
在食用苦蕎麥之前，必須先了解清楚其副作用了，免得錯誤地食用造成不當的後果。
