牙菌斑根據其所在部位分為齦上菌斑和齦下菌斑，齦上菌斑位於牙齦緣上牙面牙菌斑，齦下菌斑位於牙齦下面牙菌斑，大多數牙菌斑形成都是齦上菌斑。
1、齦上菌斑
齦上菌斑是牙菌斑在牙齦緣以上牙面上，牙菌斑是由革蘭陽性球菌及桿菌組成。牙菌斑不斷生長，細菌逐漸增多，大多數牙菌斑最初形成齦上菌斑，不及時清除，會引起牙齦炎症。
2、齦下菌斑
齦下菌斑是牙菌斑出現在牙齦下面，平時會被牙齦所覆蓋，其中含有大量細菌，表面有很多絲狀菌和螺旋體，危害性大。齦下菌斑多數由於齦上菌斑逐漸向下發展所致，若不及時處理，會形成牙周炎等嚴重牙病，危害牙齒健康。
