治療腹瀉的藥，主要有腸黏膜保護劑、調節腸道內菌羣的藥物以及抗生素類藥物等。
腹瀉會使腸黏膜受到損傷，有較多滲出，因此可以用腸黏膜保護劑進行治療，常見的藥物是蒙脱石散、硫糖鋁咀嚼片、腸炎寧膠囊等。通過服用這些藥物可以起到保護腸黏膜的作用，減少腸黏膜損傷，改善腹瀉症狀。
腹瀉發生時，腸道菌羣容易發生紊亂，會導致有害菌數量增加，有益菌數量減少，可以應用調節腸道內菌羣的藥物來治療，如雙歧桿菌三聯活菌膠囊、雙歧桿菌四聯活菌片、雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片等，能改善腸道菌羣失衡，治療腹瀉。
腹瀉症狀的產生與腸道感染也有密切的關係，如果腸道受到細菌感染，需要應用抗生素類藥物治療，如阿莫西林膠囊、左氧氟沙星片、諾氟沙星片等。通過應用這些藥物可以控制腸道內的細菌繁殖，減輕對腸黏膜的刺激，腹瀉症狀也會緩解。
