兒童慢性乙肝病毒感染通常屬於免疫耐受期，絕大多數肝功能正常，無明顯症狀，肝臟組織學損害極小，肝病進展的風險也很低，而且治療效果差且長期治療存在耐藥的風險，因此大多不主張過早開始治療。
但是，少數兒童，尤其是有乙肝肝硬化和肝癌家族史者，可能較早地出現肝功能異常，肝病進展，甚至發展成肝硬化。這種情況還是需要及時治療的。
以往，干擾素、拉米夫定和阿德福韋在兒童中獲得了一些安全性和有效性的數據，證明其療效和安全性與成人相似。但不建議1歲以內的嬰兒使用干擾素治療;而拉米夫定長期應用容易耐藥。
最近，美國食品藥品管理局已經批准替諾福韋用於12歲以上的青少年，恩替卡韋用於2歲以上的兒童。因此，世界衞生組織推薦2歲以上需要治療的兒童慢性乙型肝炎使用恩替卡韋治療。
12歲以上的青少年體重在35 kg以上者，替諾福韋的用量與成人一樣，為每日300 mg。2歲以上的兒童體重在30 kg以上者，恩替卡韋的用量與成人一樣，為每天0.5mg。
在國外，恩替卡韋口服液已經上市，10 ml的劑量為0.5 mg。而我國還沒有恩替卡韋口服液，只能用成人服用的片劑。
