男性感染人乳頭瘤病毒能否自愈取決於感染嚴重程度及自身免疫力情況。部分患者感染並不嚴重,一般可自愈。如感染嚴重、自身免疫力較差,自愈的可能性較小。
患者的免疫力較強、病毒感染性較弱、病毒量較少,在自身免疫力作用下能逐漸清除病毒,併產生抗體。若感染者人乳頭瘤病毒感染性很強,或體內病毒量較多,會加速複製,加上自身免疫力和抵抗力較弱,一般無法自行清除病毒。若持續感染超過三年,還會導致病發,多為尖鋭濕疣。若十年內持續感染高危型人乳頭瘤病毒,則可發生癌變。