扎衝十三味丸有一定毒性，通常規範用藥不會引起不良反應，但自行盲目用藥可能出現中毒反應。
扎衝十三味丸的主要成分是制草烏、川烏、石菖蒲、木香、麝香、珊瑚、甘草、肉豆蔻、附子、丁香、沉香等中藥，有祛風通竅、舒筋活血、鎮靜安神、除濕的作用，規範用藥可治療半身不遂、口歪眼斜、風濕、關節痛等疾病，不會有明顯不良反應。
但扎衝十三味丸中的川烏、草烏、附子等成分中含有烏頭鹼，有一定的毒性，過量服用很可能會出現烏頭鹼中毒，如出現口舌辛辣、麻木、指尖麻木、痛覺減弱或消失等神經系統中毒表現，出現心悸、胸悶、血壓先上升後下降、體温下降、脈搏微弱、心律失常等循環系統中毒表現，出現噁心、嘔吐、腹脹、腹痛等消化系統中毒表現。藥量越大，中毒反應越嚴重，所以用藥必須嚴格遵醫囑，自己不可擅自服用扎衝十三味丸。
