慢性潰瘍性結腸炎首選氨基水楊酸類藥物；因感染導致慢性結腸炎時，可用抗生素治療；病情嚴重時可用糖皮質激素、免疫調節劑治療。
1、氨基水楊酸類藥物
治療慢性潰瘍性結腸炎常用藥物，對症用藥可有效緩解病情。
2、抗生素
慢性結腸炎發生與感染因素有很大關係。如果出現發燒、腹瀉、腹痛等症狀，或克羅恩病引起的慢性結腸炎，可在醫生指導下應用抗生素治療。
3、糖皮質激素
病情較嚴重時可選擇短期小劑量應用糖皮質激素類藥物治療，病情緩解後應逐漸減少藥量，慢慢停藥。
4、免疫調節劑
慢性結腸炎病情嚴重時應用糖皮質激素類藥物治療無效，或應用激素類藥物治療，病情緩解需維持治療時，可應用免疫調節劑。
5、益生菌
慢性結腸炎腸道菌羣失衡，伴隨腹痛、腹瀉等症狀，此時可服用益生菌調理腸道菌羣，緩解腹瀉症狀。
