如果人體當中只是少量的缺乏鎂元素，表現不出任何症狀，如果是缺乏嚴重的患者，其所表現出的症狀也沒有什麼特異性，所以低鎂血癥在臨牀上還是比較難以識別的。
低鎂血癥可致患者肌肉無力，痙攣抽搦，患者時常有眩暈的感覺，部分患者還會有肌纖維正常的現象，觀察患者表情可見其表情冷漠，這些和人體缺鈣的症狀非常相似，其手臂毛細血管脆性呈陽性。部分患者還會有眼球震顫的感覺，吞嚥動作像是受到了某種阻力而產生障礙，刺激患者的皮膚或粘膜時一些患者反應強烈，而一些患者則截然相反，嚴重者會發生驚厥，昏迷。低鎂血癥還會對患者的精神方面造成影響。
低鎂血癥患者嚴重者會誘發心臟異常，比如説心率失調，誘發心衰等等。低鎂血癥會使患者體內的糖耐量異常，引起患者動脈粥樣硬化等。另外一些低鎂血癥患者還會因為長時間的缺鎂而導致骨質疏鬆，或是骨質軟化。
