慢性前列腺炎的形成原因除極少數為細菌感染所致外，90%左右為非細菌性的。在慢性細菌性前列腺炎中，有少部分為性病尤其是非淋菌性尿道炎未能徹底治癒所致。因此，在已診斷為慢性前列腺炎而決定選擇怎樣的藥物治療前，我們還必須弄清如下幾個問題:①慢性前列腺炎是否屬於細菌性的。②慢性前列腺炎是否是支原體所為。③患慢性前列腺炎的同時是否還患有其他疾病，如慢性附睾炎、附睾結節、精索靜脈曲張、腰肌勞損、腰椎和骶椎的病變等。在基本弄清慢性前列腺炎的性質以及與其他疾病的關係後，則可從中西醫的不同角度作出藥物治療的正確選擇。
西藥治療方面:主要是針對慢性細菌性、支原體性前列腺炎。一般細菌感染的治療，通常選擇使用複方新諾明，每次2片，每日2次，可連續服用2周。如同時加服碳酸氫鈉(同等劑量與服法)和多飲水則效果更好。若為淋病所致者，可用羅氏芬0.25～1.0克，1次注射，並可服用阿奇黴素，1.0克，頓服。若為支原體所致者，則可用強力黴素，每次100毫克，每日2次，連續服用2周;亦可選用美滿黴素、氟嗪酸、司巴樂等藥物。但這一類藥物在使用時，必須注意幾個問題:①對於以上藥物有過敏反應者為禁忌症。②如疑為淋病性或非淋菌性尿道炎所致者，應對配偶或伴侶實施同步治療，治療期間不宜過性生活(使用避孕套亦需特別小心)。治療結束後，應在確認雙方均已治癒後方能恢復性生活。③西藥並非越貴越好，也不是使用時間越長越好。使用時間短，未能達到一定的治療量，不僅不易治療徹底，而且容易產生耐藥性;但使用時間過長，則可能導致肝、腎功能異常。對於既往即有肝、腎功能異常的患者，在實施治療時須更加慎重。
中藥治療方面:中藥在治療非細菌性前列腺炎方面很有優勢。中藥湯劑的使用需針對不同患者的個體特徵而分別擬定，因此較為複雜，但臨牀療效較中成藥顯著。中成藥的使用在慢性前列腺炎的不同階段可有不同選擇:①對於慢性前列腺炎初期的患者，臨牀表現為小便黃、短少、灼熱，小便時或小便後尿道有所不適者，可選擇使用龍膽瀉肝丸、三妙丸、雞骨草丸、寧泌泰膠囊等。②對於慢性前列腺炎同時伴有附睾病變而表現為小腹、少腹墜脹疼痛者，可同時服用金利油膠囊、橘核丸、玄胡止痛片等;對於心理壓力較大，伴有失眠多夢者，可同時服用逍遙丸、七葉神安片、百草安神片等。③對於病變已久，自覺體疲易乏、肛門墜脹、腰骶痠痛、性功能減退者，可根據不同情況選擇使用補中益氣丸、還少丹膠囊、壯陽復春靈膠囊等。對於中成藥的使用，不僅應考慮是否對症，還必須注意是否合適自己的體質類型。因為中成藥的使用總的來説，功能可分為三大類型:一是祛邪;二是補益;三是祛邪與補益兼有。通常在疾病初始階段多需祛邪;病邪未除而體質較弱時則可以使用祛邪與補益兼有者;疾病後期病邪已除，體質較弱，或體質雖不太弱，但希望能鞏固療效防止復發者則可服用一些補益的藥物。誠然，對於一般的患者來説，選擇中成藥時是較難以綜合考慮以上因素的。因此，必要時還是去正規醫院向有關醫生諮詢為好。
