消毒櫃温控器能控制消毒櫃內部温度，控制方法一般分為兩種，一種是由被冷卻對象的温度變化來進行控制，多采用蒸氣壓力式温度控制器，另一種由被冷卻對象的温差變化來進行控制，多采用電子式温度控制器。此外，温控器還可按以下方法進行分類：
機械式分為：蒸氣壓力式温控器、液體膨脹式温控器、氣體吸附式温控器、金屬膨脹式温控器。
其中蒸氣壓力式温控器又分為：充氣型、液氣混合型和充液型。家用消毒櫃並非以這類温控器為主。
電子式分為：電阻式温控器和熱電偶式温控器。家用消毒櫃主要以這類温控器為主。
