新生兒濕疹是遺傳性過敏體質對環境中某些因素的過敏反應。導致新生兒濕疹的原因至今還沒有確切的説法，目前多認為與遺傳和免疫異常有關。患有這種疾病的嬰兒通常會伴隨有其他過敏性疾病，如過敏性鼻炎、哮喘性支氣管炎、蕁麻疹等疾病。
引起濕疹的原因很多，可以分為：
1、直接病因
引起新生兒濕疹原因很難説清楚，但過敏因素在其中佔了絕大部分，所以有過敏體質家族史的寶寶就容易發生濕疹。
2、誘發因素
新生兒如果是已經患有濕疹，不加以注意的話，又會誘發或加重濕疹症狀，如食物、化學物品、毛製品、植物、環境温度高或穿着太暖、寒冷等，都會刺激新生兒濕疹的反覆發生或加重。有一種特殊類型的小兒濕疹，發生在孩子的肛門周圍，常伴有蟯蟲感染，稱為蟯蟲濕疹。
3、嬰兒濕疹的內因
嬰兒容易發生濕疹還有本身的因素，是因為嬰兒的皮膚角質層比較薄，毛細血管網豐富而且內皮含水及氯化物比較多，對各種刺激因素較敏感，所以又叫嬰兒濕疹。小兒濕疹本身不是由潮濕所致，但潮濕可以促使濕疹加重。給孩子洗完澡，或者是孩子出汗後，皮疹都會變得更加明顯。第一次引起家長重視往往是洗澡後，因此將原因推為洗澡後身體沒擦乾等潮濕因素。
