肺部真菌感染致病菌為：肺隱球菌、念珠菌、麴菌，不同致病菌感染途徑有所不同。
1、肺隱球菌感染
肺隱球菌多存在土壤、鳥類糞便中，也可見於水果、蔬菜、空氣，主要傳播途徑為呼吸道傳播，新型隱球菌孢子被吸入肺內大量繁殖，引起肺部真菌感染。
2、肺內念珠菌感染
念珠菌存在於自然界中，也存在於哺乳動物或鳥禽排泄物。與人體接觸，可寄生於人體皮膚、口腔、腸胃道、消化道、陰道等部位，屬於特殊性機會致病菌。感染通過口腔直接蔓延或經血行播散全身其它器官。
3、肺內麴菌感染
麴黴菌感染傳播途徑為：呼吸道吸入、侵入血液播散至全身各個部位、器官。
