HPV檢查包括定量檢查和分型檢查，有些醫院做HPV篩查時只做定量檢查，無分型檢查，所以檢查結果不分型。
在進行HPV檢查時，一共有兩種檢查方法，一種檢查的是HPV-DNA數量，這是HPV定量檢查，只是為了檢測傳染性，沒有辦法分型。如檢查結果小於1，提示未感染HPV，無傳染性。如檢查結果大於1，則表明HPV陽性，有傳染性。另一種檢查的是HPV-DNA分型，即HPV分型檢查，從取陰道分泌物，利用聚合酶鏈反應檢測，確定病毒的型號，如皮膚低危型、皮膚高危型、黏膜低危型、黏膜高危型等。
在不同醫院進行HPV篩查時，檢查的項目不同，大多數醫院篩查HPV時，既會做定量檢查，也會做分型檢查。但有些醫院規模小、設備陳舊，進行HPV篩查時只做定量檢查，不做分型檢查，所以檢查報告單上看不到分型。如在定量檢查中發現已感染HPV，建議再做一次分型檢查，明確感染高危型病毒還是低危型病毒。
