扎冲十三味丸有一定毒性，通常规范用药不会引起不良反应，但自行盲目用药可能出现中毒反应。
扎冲十三味丸的主要成分是制草乌、川乌、石菖蒲、木香、麝香、珊瑚、甘草、肉豆蔻、附子、丁香、沉香等中药，有祛风通窍、舒筋活血、镇静安神、除湿的作用，规范用药可治疗半身不遂、口歪眼斜、风湿、关节痛等疾病，不会有明显不良反应。
但扎冲十三味丸中的川乌、草乌、附子等成分中含有乌头碱，有一定的毒性，过量服用很可能会出现乌头碱中毒，如出现口舌辛辣、麻木、指尖麻木、痛觉减弱或消失等神经系统中毒表现，出现心悸、胸闷、血压先上升后下降、体温下降、脉搏微弱、心律失常等循环系统中毒表现，出现恶心、呕吐、腹胀、腹痛等消化系统中毒表现。药量越大，中毒反应越严重，所以用药必须严格遵医嘱，自己不可擅自服用扎冲十三味丸。
